Als stap tussen het onderzoek op laboratoriumschaal en de uitvoering van een sanering in de praktijk kan het zinnig zijn een pilot-onderzoek uit te voeren. In dat geval wordt op een kleine schaal bij voorkeur in het hart van de verontreiniging een sanering uitgevoerd op basis van de voorgestelde techniek. De grootte van een pilot ligt rond de 100 m², zodat een redelijk bodemvolume wordt behandeld. Randeffecten hinderen bij een dergelijke omvang niet de beoordeling van de resultaten. De duur van dit type onderzoek is globaal een half jaar en de monitoring wordt daarop afgestemd.
De rolverdeling wordt per geval afgesproken. De uitvoering kan bijvoorbeeld in handen van BioSoil R&D worden gelegd, terwijl de monitoring door de opdrachtgever wordt gedaan. De beoordeling van de resultaten wordt dan weer door BioSoil R&D gedaan.